La fase cruciale per la caratterizzazione molecolare è quella di avere un valido protocollo di estrazione di DNA di buona qualità per l’applicazione nelle analisi successive. Nel caso delle foglie di olivo la presenza dei polifenoli e dei polisaccaridi, può inficiare la buona riuscita delle analisi. Una volta ottimizzato il metodo di estrazione, si può procedere ad identificare un robusto protocollo di analisi dei marcatori SSR. L’analisi di questi marcatori prevede l’utilizzo di una macchina chiamata termociclatore e di una tecnica chiamata PCR (Polymerase Chain Reaction) che sfrutta l’utilizzo di un enzima capace di “amplificare” milioni di volte un frammento di DNA di nostro interesse (amplicone).

Una volta amplificato, questo prodotto di reazione deve essere visualizzato dall’operatore e può avvenire in diversi modi. Il più tradizionale è quello che prevede l’utilizzo del gel di agarosio, che consiste nel sottoporre il DNA (molecola carica negativamente) ad un campo elettrico (elettroforesi su gel) che rimane intrappolato nelle maglie di un gel, all’interno del quale migra più o meno velocemente in relazione al suo peso molecolare. Un metodo alternativo, che consente una separazione più fine e precisa, è quello basato sull’elettroforesi capillare realizzata su un sequenziatore automatico. In questo caso il risultato dell’analisi sarà rappresentato da un elettroforegramma, dove ogni frammento analizzato corrisponde ad un picco di dimensioni specifiche.

In conclusione, le tecniche molecolari basate sull’utilizzo dei marcatori SSR, avendo il grande vantaggio di essere altamente riproducibili, in larga parte automatizzabili e indipendenti dai fattori ambientali, possono essere un valido strumento nella caratterizzazione delle varietà di olivo. Questo consentirà di tutelare e valorizzare maggiormente il prodotto “Made in Italy” e fornirà una garanzia ulteriore sia per il produttore che per il consumatore.

Tale tecnica è stata utilizzata per la caratterizzazione di cultivar minori di olivo realizzata nell'ambito del progetto S.O.S. Uno degli obiettivi progettuali è stato, infatti, quello di indagare il potenziale di varietà minori e scarsamente impiegate nel contesto olivicolo-oleario attuale in termini quantitativi e qualitativi dell’olio vergine estratto, e contestualmente, studiare le caratteristiche genetiche, biologiche e agronomiche delle varietà selezionate.